Banyak orang Kristen yang masih keliru mengartikan perbedaan gereja Bethany dan Bethel. Hal ini karena mereka memandang bahwa kedua gereja tersebut memiliki aliran yang sama dengan sedikit perbedaan gereja kharismatik dan pentakosta. Akan tetapi jika dilihat secara lebih detail, keduanya memiliki perbedaan yang besar terutama dari segi organisasi serta visi misi perbedaan gereja Bethel dan Pantekosta yang dimiliki. Supaya lebih jelasnya, sebaiknya simak berikut ini beberapa perbedaan gereja Bethany dan Bethel yang jarang diketahui.
1. Sejarah Gereja
Jika dilihat dari sejarah gereja, maka keduanya memiliki latar belakang pendirian gereja yang sama. Meskipun merupakan sama-sama gereja reformasi akan tetapi Gereja Bethany berdiri atas inisiatif dari Pendeta Abraham Alex Tanuseputra di Surabaya. Sedangkan gereja Bethel berangkat dari misionaris Amerika yang membuka gereja di Bali. Pada perkembangannya gereja Bethel kemudian mengembangkan pendirian gerejanya pada banyak daerah di Indonesia. Sementara Gereja Bethany masih banyak berfokus pada Surabaya dan kota di sekitarnya di Pulau Jawa.
2. Sinode Gereja
Dari sinode maka keduanya juga memiliki sinode yang berbeda. Saat ini Gereja Bethany merupakan sinode tersendiri yang tidak bergabung di dalam naungan sinode Bethel. Walaupun dalam sejarah awal mulanya merupakan gabungan sinode yang sama, namun pada perkembangannya Bethany melepaskan diri dari Sinode Bethel dan membentuk sinodenya sendiri.
3. Administrasi Gereja
Keduanya memiliki dasar aliran karismatik yang hampir sama namun karena perbedaan sinode maupun organisasi, maka secara administrasi gereja juga tidak sama. Sebagai contoh syarat pemberkatan nikah di gereja Bethany jika dibandingkan dengan syarat pemberkatan nikah di GBI tidak sepenuhnya sama.
4. Jemaat dan Liturgi
Dari segi jemaat, maka gereja Bethany yang awalnya didirikan di Surabaya memiliki rangkaian jemaat terbesar di kota tersebut. Sementara gereja Bethel yang lebih besar dan tersebar di berbagai kota di Indonesia memiliki latar belakang jemaat yang berbeda-beda suku dan ras. Sementara dari sisi liturgi keduanya hampir mirip dan tetapi berada pada sistem ibadah yang berpatokan pada cara bersekutu dengan Roh Kudus.
5. Misionaris
Dari segi misionaris, sekolah-sekolah teologi yang bernaung di bawah kedua gereja tersebut juga tidak sama. Gereja Bethany memiliki sekolah teologi STT Bethany untuk mencetak pendeta-pendeta muda yang ditugaskan dalam penggembalaan umat gereja tersebut. Sedangkan di gereja Bethel menaungi STT Bethel Indonesia.
6. Pengakuan Iman
Jika dilihat dari pengakuan iman yang dijalani oleh kedua gereja tersebut, maka ada sedikit perbedaan pada pengakuan iman gereja. Jika gereja Bethany mengakui Pengakuan Iman Rasuli, maka gereja Bethel mengakui konteks yang sedikit berbeda. Walaupun pada intinya tetap mengakui Allah, Bapa, Putra dan Roh Kudus. Namun demikian dari pengakuan iman tersebut membuahkan iman kepada Yesus Kristus yang tidak berbeda.
Itulah beberapa perbedaan gereja Bethany dan Bethel. Pada dasarnya keduanya mengakui janji keselamatan dalam Alkitab pada Allah melalui Tuhan Yesus. Akan tetapi secara organisasi memang memiliki tata laksana gereja yang berbeda. Walaupun keduanya sama menitik beratkan pada karunia Roh Kudus, akan tetapi jalannya ibadah dan aturan gereja kembali pada keputusan setiap gereja tersebut masing-masing.